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羅氏診斷KAPA EvoPlus Kit助力實現(xiàn)樣本打斷自動化

更新時間:2022-09-29  |  點擊率:954


轉(zhuǎn)自羅氏診斷生命科學(xué)公眾號

圖片




隨著NGS檢測的臨床有效性不斷地被驗證,實驗室檢測的樣本量逐漸地增多,實現(xiàn)NGS復(fù)雜流程在工作站上自動化是大勢所趨。但是,在開放式的工作站上,客戶如何實現(xiàn)樣本打斷自動化,一直沒有很好的解決方案。


通常,NGS建庫使用的打斷方法不外乎下面兩種,各有優(yōu)勢又各有缺點。


  • 一種是基于超聲波的物理打斷方法或稱為機(jī)械打斷。這種方法需要專門的設(shè)備和耗材,以Covaris的設(shè)備為代表。物理打斷有其 優(yōu)勢,比如說樣本斷點的隨機(jī)性高,不會有位點的偏好,也不會受樣本純度的影響。然而物理打斷的設(shè)備和耗材成本很高,并且難以在工作站中整合超聲設(shè)備實現(xiàn)自動化。通常情況下物理打斷法處理一個樣本需要平均3-5分鐘的時間,因此一旦樣本數(shù)量變多,它就變成一個操作單一同時又極度耗時的方法。

  • 另一種是基于酶切打斷的方法,包括轉(zhuǎn)座子或各種混合水解酶等對DNA進(jìn)行化學(xué)切斷。酶切的方法不需要特殊的設(shè)備,只需要普通的PCR儀,可以批量的處理樣本并輕松在工作站上實現(xiàn)自動化。同時酶切較物理打斷的DNA損耗更小,文庫轉(zhuǎn)化效率更高,對于一些珍貴的樣本,文庫構(gòu)建的 更好。但是,目前的酶切試劑盒存在或多或少的數(shù)據(jù)偏好性。除此之外,酶切建庫試劑盒構(gòu)建的文庫會有一定比例的假陽性嵌合,特別是做一些基因融合檢測的應(yīng)用時會干擾檢測結(jié)果的判讀。


    雖然這些假陽性干擾可以通過數(shù)據(jù)分析進(jìn)行過濾,但這對生信人員提出了更高的要求且?guī)砹烁嗟墓ぷ髁俊M瑫r,酶切對于樣本會有比較高的要求,比如樣本的純度(特別是EDTA的含量)和樣本的降解程度,都會對酶切的效果產(chǎn)生諸多的影響。這使得實驗室對于不同來源或不同類型的樣本需要設(shè)置不同的SOP。對實驗室技術(shù)人員和管理人員都造成了一定的困擾。


如何整合物理打斷和酶切打斷的優(yōu)勢,解決這些實現(xiàn)自動化的障礙?


答案是:

羅氏診斷KAPA EvoPlus Kit上市了!?



KAPA EvoPlus 主要解決了以下4個問題:

1

 EDTA敏感性導(dǎo)致的酶切產(chǎn)物大小不穩(wěn)定性

 

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圖1 100ng gDNA,37℃ 25 min 打斷,

KAPA UDI接頭,8循環(huán)擴(kuò)增

(圖片來源:羅氏診斷整理)


對含有不同EDTA濃度緩沖液的DNA進(jìn)行相同條件的打斷和建庫,可以看到文庫的大小都符合預(yù)期。


2

數(shù)據(jù)假陽性

 

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圖2 與物理打斷的建庫試劑盒(KAPA HyperPrep)進(jìn)行比較,

可以看到EvoPlus已經(jīng)將假陽性的比例降至同一水平。

(圖片來源:羅氏診斷整理)


 

圖3 經(jīng)內(nèi)部測試,與國內(nèi)外市場上同類型酶切建庫試劑盒

進(jìn)行平行比較,Evoplus的假陽性比例 低。

(圖片來源:羅氏診斷整理)


3

工作站移液步驟過多,試劑包裝對自動化不兼容

KAPA EvoPlus簡化了實驗流程,減少了移液步驟以降低交叉污染的風(fēng)險,預(yù)混液及96孔板式包裝更匹配自動化工作站,另有管式包裝可供手動建庫用戶選擇。

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圖4 打斷、末端修復(fù)和加A尾整合成一步反應(yīng),預(yù)混液包裝

無需進(jìn)行反應(yīng)體系配制,簡化實驗操作流程。

(圖片來源:羅氏診斷整理)


4

實驗流程長,試劑穩(wěn)定性差,在工作站上難以

長時間存放而無法實現(xiàn)全流程無人值守

KAPA EvoPlus即便是ReadyMix預(yù)混液包裝,依然能長期穩(wěn)定保存,試劑盒效期18個月。

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圖5 經(jīng)內(nèi)部測試,打斷試劑在室溫5周之后

依然可以保持相當(dāng)?shù)拇驍嘈Ч?/span>

(圖片來源:羅氏診斷整理)

 

*僅用于科學(xué)研究,不用于臨床診斷。MC-CN-01945有效期至2025年1月26日

  END  



 

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